西湖大学日常实习

实验室简介

Guomics（蛋白质组复杂科学实验室）隶属西湖大学、西湖实验室（生命科学和生物医学浙江省实验室）、医学蛋白质组全国重点实验室，聚焦蛋白质组学 × AI for Science交叉研究，方向包括：

• 虚拟细胞建模与系统生物学

• 宏蛋白质组/空间蛋白质组新技术开发

• 多组学整合分析与疾病机制解析

实验室拥有Orbitrap Astral质谱仪、自动化样本制备系统、高性能计算集群等先进平台，成果发表于 Cell、Nature 等顶级期刊，团队成员覆盖生物学、医学、计算机科学、统计学、工程学等多学科背景。

项目一｜具有跨物种泛化能力的从头肽测序

英文标题：Cross-species generalizable de novo peptide sequencing uncovers functional peptides and proteins in host-microbial symbioses

项目简介：MassNet-meta项目致力于构建面向AI的蛋白质组质谱数据集，并基于创新模型架构训练跨物种泛化的从头肽段测序模型，用于发现新型功能性肽组（如抗菌肽AMP、神经肽、激素）及蛋白质组“暗物质”。

预期成果：

• 掌握质谱驱动的肽段/蛋白鉴定全流程、从头测序原理与生物信息学分析方法

• 参与质谱数据清洗、标注、模型训练/测试/应用

• 协助撰写或投稿相关学术论文

• 积累AI for Science与计算生物学交叉研究经验

实习要求：

• 时间安排：寒假前线上远程（≥20小时/周）+ 寒假期间线下全职（4–6周）

• 必备技能：Python编程基础

• 优先考虑（满足其一即可）：分子生物学/生物化学基础知识；蛋白质组或生物信息数据分析经验；深度学习建模经验（PyTorch/TensorFlow等）

• 对计算生物学有热情，具备自主学习能力与问题解决意识

项目负责人：孙莹莹 助理研究员（南京大学生物学博士，聚焦基因组超突变机制；2021年起从事宏蛋白质组大数据研究，主导舌苔宏蛋白质组胃癌筛查、肠道菌群功能解析、大语言模型驱动的宏蛋白质组预训练模型研发）

项目二｜自动化高通量细胞/类器官实验与多组学虚拟扰动平台

英文标题：An automated high-throughput platform for cell/organoid perturbation and multi-omic data generation

项目简介：搭建集自动化细胞/类器官培养、高通量药物扰动、多组学联合检测（转录组+蛋白组等）于一体的实验平台，并基于多维数据构建虚拟扰动模型，实现对药物效应的系统性预测与生物学机制解析。

预期成果：

• 理解自动化细胞培养与高通量扰动实验的设计与落地流程

• 学习多组学联合检测技术（RNA-seq、TMT/LFQ蛋白组等）及质量控制要点

• 参与多组学数据整合分析、特征工程与虚拟扰动模型构建实践

实习要求：

• 时间安排：线下全职实习 ≥4周（建议连续）

• 必备基础：分子生物学常规实验技能（如细胞培养、Western blot、qPCR等）；组学数据分析基础（R/Python处理表达矩阵、差异分析等）

• 优先考虑：有自动化仪器（如Hamilton工作站、BioLector、液体处理机器人等）操作或调试经验

• 具备主动思考能力、良好沟通习惯与科研记录意识

• 表现优异者可延续参与项目并共同署名论文

项目负责人：许梓妍 博士后研究员（复旦大学化学生物学博士，专注空间蛋白组学方法开发与临床多组学研究；开发膨胀空间蛋白组技术解析肿瘤空间异质性；现聚焦空间蛋白质组新方法与高通量多组学自动化平台建设）

我们期待这样的你

• 稳定的时间投入：科研需连续推进，请提前协调好寒假安排，尽量全程参与

• 自驱力与学习韧性：遇到问题愿先查阅文献、尝试复现、形成初步判断，再主动讨论

• 及时沟通与结构化汇报：按阶段参与组会讨论，及时反馈进展与卡点

• 规范的科研记录意识：代码、分析脚本、实验步骤、结果解读均需完整归档，确保可复现、可传承

• 欢迎低年级本科生：研究经历非硬性门槛，扎实的基础、强烈的好奇心与持续投入意愿同样珍贵

申请对象

• 海内外高校2027届、2028届优秀本科/硕士应届毕业生

• 也欢迎非应届但具科研热情的在读生或已毕业同仁申请

专业背景要求（满足其一即可）

• 计算机科学、人工智能、生物信息学、生物学、医学、数学、统计学等相关专业

• 具备Python等编程能力 或 生物学/蛋白质组学基础

• 对AI for Science、计算生物学、系统生物学有浓厚兴趣

• 优先考虑：深度学习项目经验、组学数据分析经验、系统建模经验

• 英语听说读写流利，身心健康，品学兼优

注：各项目具体要求以本公告中对应条目为准；线下实习生可享部分住宿补贴。

申请材料与提交方式

申请材料（缺一不可）：

1. 个人简历（CV）：突出相关课程、项目、技能与成果

2. 动机信（Motivation Letter）：请手写撰写，严禁AI生成；说明申请动机、匹配优势、未来规划

点击“立即投递”查看联系方式与投递方式。

提交方式：

• 邮件主题：【寒假实习+姓名】（例：【寒假实习+张三】）

• 邮件正文：注明意向项目（项目一 / 项目二 / 均感兴趣）及可实习时间段

延伸了解

• 往届实习生去向：北京大学未来技术学院、剑桥大学、牛津大学、新加坡国立大学、Stowers Institute等

• 代表性成果：

• Nature：人体最精最全蛋白质“地图”

• Nature：具备临床潜力的虚拟细胞垂类模型

• Nature述评：酵母虚拟细胞构建范式

Guomics Lab · Westlake University

探索生命复杂性，用AI重写生物学规则